茅草根和鱼腥草的区别是来源不同、功效不同。
1、来源不同：茅草根主要是来源于禾本科植物，鱼腥草主要是来源于三百草科植物，在气味上有明显的区别，茅草根有青草独有的香气，而鱼腥草具有很浓烈的鱼腥味，用鼻子闻一下，就能够分辨这两种。
2、功效不同：茅草根和鱼腥草都可入药，茅草根属于寒性的植物，具有凉血止血的功效，对于各种病毒性疾病有预防的效果，鱼腥草具有提高人类消化功能健脾养胃的作用，这些功效茅草根都不具备。