做肠镜并不是很痛苦，但是会有点不舒服，具体情况因人而异。
人的肠道本身就很弯曲，做肠镜检查时，检查工具进入肠子最远端，会让人感觉不舒服，会出现有便意、腹胀等症状，也就是有解大便感觉，拐弯时还会有胀痛感，大多数人都是可以承受的，如果有条件也可以做无痛肠镜检查。
无痛肠镜也就是静脉注射麻药，患者很快进入睡眠状态，在麻醉状态下，有机医生完成肠镜检查与操作。如果想要做肠镜检查，害怕痛苦，可以选择无痛肠镜。